Die Hausbibliothek der Markgrafen von Brandenburg-Bayreuth und die Schlossbibliothek der Markgrafen von Brandenburg-Ansbach, bilden zusammen einen bedeutenden Teil des wertvollen historischen Bestandes der Universitätsbibliothek. Die markgräflichen Bibliotheken repräsentieren den Status und die Interessen ihrer Besitzer durch herausragende Werke der Buchkunst. Andererseits spiegeln sie auch als die Verwendung als „Amtsbibliothek“ eines Regenten.
Zum Universitätsjubiläum 2018 startete die Universitätsbibliothek das Forschungsprojekt „Virtuelle Rekonstruktion der Markgräflichen Hausbibliothek in Bayreuth„.
Als Markgraf Friedrich im Jahre 1743 die Universität Erlangen gründete, bedeutete das zugleich auch die Gründung der Universitätsbibliothek, denn der Markgraf überließ seiner Alma Mater die Markgräfliche Hausbibliothek in Bayreuth als Grundstock für eine Universitätsbibliothek.
Den Grundstock zur Markgräflichen Haus- beziehungsweise Hofbibliothek legte Markgraf Christian von Brandenburg-Bayreuth. Der älteste vorhandene Katalog datiert aus dem Jahre 1679 und umfasst wohl den Bestand, den Markgraf Christian und vielleicht auch sein früh verstorbener Sohn Erdmann August (1615-1651) angelegt hatten. Weitere Werke, die unter der Bezeichnung „Ex nova Biblioteca“ im gleichen Katalog aufgeführt werden, wurden vermutlich von seinem Nachfolger, seinem Enkel Markgraf Christian Ernst (1644-1712), angeschafft. In den Jahren 1701 und 1706 erwarb Markgraf Christian Ernst weitere Bücher für seine Bibliothek.
Im Jahre 1731 erhielt die Markgräfliche Hausbibliothek einen weiteren Zuwachs durch die Eingliederung der Privatbibliothek des Markgrafen Karl August von Brandenburg-Kulmbach (1663-1731), eines Enkels des Markgrafen Christian. Auch die folgenden Markgrafen vermehrten ihre Hausbibliothek kontinuierlich.
Stand November 2020 kann man von einem Gesamtbestand von circa 3.000 physischen Bänden der Markgräflichen Bibliothek, einer großen Anzahl von Gelegenheitsschriften, Disputationen und Landkarten, 92 Inkunabeln und 104 lateinischen, griechischen und deutschen Handschriften ausgehen. Hinzu kommen noch mehrere hundert Kupferstiche und Radierungen, die ein Teil der heutigen Graphischen Sammlung der FAU sind.
Zu den markgräflichen Bibliotheken gehören auch die Bibliotheken der Markgräfinnen Christiane Charlotte von Brandenburg-Ansbach, Wilhelmine von Brandenburg-Bayreuth, Friederike Louise von Brandenburg-Ansbach und Sophie Caroline von Brandenburg-Bayreuth.
Zu den markgräflichen Bibliotheken gehören auch die Bibliotheken der Markgräfinnen Christiane Charlotte von Brandenburg-Ansbach, Wilhelmine von Brandenburg-Bayreuth, Friederike Louise von Brandenburg-Ansbach und Sophie Caroline von Brandenburg-Bayreuth.
Christiane Charlotte von Württemberg (1694-1729), vermählte Markgräfin von Brandenburg-Ansbach, nimmt unter den fränkischen Markgräfinnen eine Sonderstellung ein. Sie war nicht nur fürstliche Gemahlin und Mutter des Erbprinzen, sondern von 1723 bis zu ihrem frühen Tod im Jahre 1729 auch „Obervormunderin und Landesregentin“ des Markgraftums Ansbach.
Ihre Bibliothek lässt sich mit den Privatbibliotheken der anderen fränkischen Markgräfinnen nicht vergleichen. Die Sammlung umfasste nur 80 Titel in 235 Bänden, die sich heute zum größten Teil in der Universitätsbibliothek Erlangen-Nürnberg und zu einem kleinen Teil in der Staatlichen Bibliothek Ansbach befindet. Die Gründe für eine so kleine Privatbibliothek liegen zum einen sicher in der Tatsache begründet, dass der Fürstin die große Schlossbibliothek zur Verfügung stand und sie deshalb wohl nur eine kleine Handbibliothek in ihren Privatgemächern aufgestellt hatte. Zum anderen wurde sie mit 29 Jahren Regentin des Markgraftums Ansbach und dürfte bei dem Umfang der Regierungsgeschäfte kaum mehr die Muße zum Lesen gefunden haben, über die diejenigen Fürstinnen verfügten, die keine politischen Aufgaben wahrnehmen mussten. Ihr früher Tod mit nur 35 Jahren erlaubte überdies keine langjährige Sammeltätigkeit.
Vergleicht man ihren Bücherbesitz mit den Privatbibliotheken anderer Fürstinnen, so stellt man fest, dass sie nur die wichtigsten Standardwerke zur antiken Geschichte und Literatur besaß. Es finden sich auch kaum Theaterstücke und schöngeistige Literatur in ihrer Bibliothek. Auffällig sind hingegen eine beträchtliche Anzahl an Werken über Architektur, was sich aus der intensiven Bautätigkeit der Fürstin erklären lässt, und das 17bändige Werk über internationale Verträge „Foedera, Conventiones etc.“, das für sie als Regentin wohl von großer Bedeutung war.

Alle Erlanger und Ansbacher Bände Christiane Charlottes sind in braunes Kalbleder gebunden. Die Schnitte sind vergoldet und ihre Bücher tragen das Supralibros C & C in drei verschiedenen Variationen auf dem Vorderdeckel und auf dem Rücken.
Wilhelmine von Preußen (1709-1758), Markgräfin von Bayreuth, die älteste Schwester König Friedrichs II. von Preußen, legte sich bereits in Berlin eine kleine Büchersammlung zu; in Bayreuth sammelte sie spätestens seit dem Jahre 1737. Anlässlich der Gründung der Landesuniversität in Erlangen vermachte sie ihre private Bibliothek testamentarisch der neuen Hochschule; 1759, ein Jahr nach ihrem Tod, kam die Sammlung nach Erlangen.
Sie umfasst nach dem Erlanger Katalog 4.226 Bände. Den größten Teil machen historische Werke aus, vor allem Quellen, Biographien und Memoiren. Fast vollständig vorhanden sind die griechischen und römischen Klassiker in französischer Übersetzung sowie die schöne Literatur Frankreichs von der Renaissance bis zu Wilhelmines Zeit. Hinzu kommen theologische und philosophische Werke, in erheblich geringerer Anzahl auch naturwissenschaftliche, mathematische und medizinische Literatur. Die Abteilung Geographie umfasst fast ausschließlich Reisebeschreibungen, wobei die gesamte Bibliothek bemerkenswerterweise kein einziges Buch über Franken enthält. Es handelt sich größtenteils um Bücher in französischer Sprache, die übrigen sind in Italienisch geschrieben, während sich in deutscher Sprache nur einige Bibeln sowie ein Werk über fürstliche Architektur finden.

Die meisten Bücher sind in braunes Kalbsleder gebunden und tragen das Supralibros der Fürstin: die Initialen FSW (Friederike Sophie Wilhelmine) unter der preußischen Königskrone. Sie sind zum größeren Teil im Sitzungssaal der Alten Universitätsbibliothek geschlossen aufgestellt, die übrigen Bände ihrer Bibliothek sind in den allgemeinen Bestand eingereiht.
Friederike Louise von Preußen (1714-1784), vermählte Markgräfin von Brandenburg-Ansbach, war eine jüngere Schwester König Friedrichs II. von Preußen und Wilhelmines von Preußen, Markgräfin von Brandenburg-Bayreuth. Friederike Louises Privatbibliothek wurde nach ihrem Tod von ihrem Witwensitz Unterschwaningen in die Ansbacher Schlossbibliothek verbracht und bei Überführung der Schlossbibliothek in die Universitätsbibliothek Erlangen im Winter 1805/06 zwischen Ansbach und Erlangen aufgeteilt. Der größere Teil ihrer Bibliothek, 151 Titel in 426 Bänden befindet sich in Erlangen, der kleinere Teil, knapp 100 Titel, in der Staatlichen Bibliothek Ansbach.
Ein Viertel ihrer Bücher sind geschichtliche Werke, circa 30 Prozent Anthologien oder sonstige schöngeistige oder unterhaltende Literatur, hinzu kommt noch ein kleiner Teil Theologie und Reiseberichte. Sie besaß eine größere Menge an Erbauungsliteratur, aber keine Werke zur modernen Geschichte, Politik oder Naturwissenschaft. Der größte Teil ihrer Bücher, fast 90 Prozent, ist in französischer Sprache geschrieben, die übrigen zu ungefähr gleichen Teilen in Deutsch und Italienisch.

Bis auf wenige Ausnahmen sind alle ihre Bände in braunes Kalbleder gebunden und weisen das Supralibros FL unter der preußischen Königskrone auf. Die Bibliothek ist nahezu geschlossen im historischen Lesesaal in der Alten Universitätsbibliothek aufgestellt.
Sophie Caroline von Braunschweig-Wolfenbüttel (1737-1817), die letzte Markgräfin von Brandenburg-Bayreuth, war eine Tochter von Philippine Charlotte von Preußen, Herzogin von Braunschweig-Wolfenbüttel, einer jüngeren Schwester des Preußenkönigs Friedrich II. Sophie Caroline heiratete wieder in die Familie der Hohenzollern ein: 1759 vermählte sie sich Markgrafen Friedrich von Brandenburg-Bayreuth, dem Witwer ihrer Tante Wilhelmine von Brandenburg-Bayreuth. Bereits vier Jahre später war die junge Fürstin Witwe und verbrachte den Rest ihres Lebens, 53 Jahre, an ihrem Witwensitz in Erlangen, dessen kulturelles Leben sie über Jahrzehnte hinweg mitprägte.
Laut Katalog besaß die Markgräfin insgesamt 616 Werke (insgesamt 1.661 Bände). In ihrer Bibliothek sind die bedeutendsten französischen Autoren nahezu vollständig vertreten, ebenso eine Auswahl der griechischen und römischen Klassiker in französischer oder italienischer Übersetzung. Hinzu kommen Historische Werke, Memoirenliteratur und Reisebeschreibungen in großer Anzahl, Komödien und Tragödien in Französisch, Italienisch und Englisch sowie zahlreiche Romane. Mehrere Wörterbücher (Latein, Englisch, Französisch, Italienisch und Deutsch), einige Atlanten sowie einige wenige medizinische und naturwissenschaftliche Werke gehörten ebenfalls zu ihrer Bibliothek.
Daneben hatte sie zwei Zeitschriften abonniert: das Magazin encyclopedique ou Journal des sciences (1807-1808) und das Journal des dames et des modes (1798-1817). Der größte Teil ihrer Bibliothek enthält Bücher in französischer Sprache, die übrigen sind zu fast gleichen Teilen in Englisch und Italienisch, ein kleiner Teil in Deutsch verfasst.
Sophie Caroline vermehrte ihre Bibliothek bis zu ihrem Tod durch regelmäßige Buchkäufe. Auf ihren Wunsch kam ihre Bibliothek nach ihrem Tod in die Universitätsbibliothek Erlangen. Im Gegensatz zu den Privatbibliotheken der anderen Markgrafen und Markgräfinnen aus Ansbach und Bayreuth weisen die Bücher ihrer Bibliothek kein Supralibros auf. Bis auf geringe Verluste, die laut Katalog auf den Schlossbrand des Jahres 1817 zurückzuführen sind, ist die Bibliothek noch vollständig erhalten. Mehr als die Hälfte ihrer Büchersammlung ist im Sitzungssaal der Alten Universitätsbibliothek Erlangen aufgestellt, die übrigen sind in den Altbestand eingeordnet.